В состав фондового собрания музея ННГУ входят материалы, характеризующие и документирующие:
– историю становления Федерального государственного автономного образовательного учреждения высшего образования «Национальный исследовательский Нижегородский государственный университет им. Н.И.Лобачевского» с момента зарождения идеи организации высшего учебного заведения в Н.Новгороде до настоящего;
– различные аспекты фауны местного края, а также животные всех континентов и всех океанов нашей планеты в виде образцов, обработанных и законсервированных для длительного хранения и безопасного использования в форме постоянной экспозиции и демонстраций в образовательном процессе в Институте биологии и биомедицины ННГУ;
– уникальные и типичные предметы с устойчивой сохранностью всех типов источников, характеризующие быт, хозяйственную (ремесла, промыслы) деятельность, экономические связи, духовную культуру нижегородского крестьянства конца XVIII в. – нач. XX в.;
– предметы городского быта XIX в. – XX в., в том числе характеризующие адаптацию к городской среде переселенцев из деревни; быт советских людей;
– предметы, полученные в результате раскопок, разведок и других видов археологических работ, производившимися археологами на территории Нижегородской области и города Нижнего Новгорода при непосредственном участии студентов ННГУ.