История ВШОПФ берет свое начало с 1984 г., когда была организована базовая кафедра Института прикладной физики АН СССР на физико-техническом факультете Горьковского политехнического института. Создание кафедры имело целью подготовку физиков-исследователей высшей квалификации для ИПФ. Преподавание физических дисциплин вели ведущие научные сотрудники ИПФ. Первые выпускники кафедры окончили институт в 1988 г. В 1991 г. все студенты и преподаватели кафедры были переведены в Нижегородский государственный университет на вновь открытый факультет «Высшая школа общей и прикладной физики» (ВШОПФ). Первый выпуск ВШОПФ в ННГУ состоялся в 1992 г.